Проведение биологического мониторинга подразумевает создание банков биологических данных, характеризующих экологическое состояние изучаемых природных объектов. Поскольку сообщества живых организмов замыкают на себе все процессы, протекающие в природе, то именно результаты биологического мониторинга являются ключевым компонентом всей информационной системы. Наблюдения и анализ состояния биологических объектов наряду с результатами мониторинга абиотических составляющих экосистем служат основой для рекомендаций в области охраны окружающей среды, рационального использования природных ресурсов, а также для проведения экологической экспертизы и экологического аудита.